I Musei del Duomo, collocati all’interno dell’area di rispetto del Sito Unesco di Modena, risultano di fondamentale importanza in quanto strettamente collegati alla storia della Cattedrale. Sono suddivisi in due raccolte costituite da frammenti scultorei appartenenti al Duomo e agli edifici precedenti ad esso, oltre che da opere e suppellettili testimonianti la vitalità della Chiesa modenese nel corso dei secoli.


Il Museo Lapidario

L’originario nucleo del Museo Lapidario risale alla fine del XIX secolo, composto dai reperti scultorei rinvenuti durante gli scavi e i restauri pertinenti la Cattedrale. La collezione comprende sculture e rilievi di epoca romana, utilizzati principalmente come materiale di reimpiego per la costruzione del Duomo, frammenti relativi alle cattedrali altomedievali precedenti, reperti di età romanica, iscrizioni antiche, medievali e moderne. Nel percorso espositivo spiccano i plutei della preesistente cattedrale altomedievale, l’Arca di San Geminiano, la pregevole serie delle metope, composta da otto sculture raffiguranti esseri mostruosi e fantastici e realizzate da un maestro attivo nella bottega di Wiligelmo, nonché uno dei leoni stilofori della Porta dei Principi, dalla quale venne rimosso e sostituito da una copia dopo i danni subiti durante la seconda guerra mondiale.  


Il Museo del Duomo

Inaugurato nel 2000 in occasione del Grande Giubileo, espone un prezioso apparato artistico-liturgico databile dall’epoca romanica al XIX secolo, comprendente suppellettili, opere scultoree, antichi reliquiari, tessuti, dipinti e codici, con cui la comunità modenese ha nei secoli arricchito la domus Clari Geminiani.
Tra le opere più antiche, facenti parte del tesoro della Cattedrale, si ricordano il prezioso altarolo di San Geminiano (XI-XII sec.), l'Evangelistario realizzato nello scriptorium di Nonantola (fine XI - inizio XII sec.) e caratterizzato da una raffinata legatura in argento e avorio, la Relatio, testo del XII secolo che riporta la cronaca della costruzione del Duomo e la Stauroteca con legatura in oro del IX secolo, di probabile provenienza costantipolitana. Una sala è inoltre dedicata al ricco patrimonio dell'Archivio Capitolare, il quale raccoglie la più antica documentazione storica relativa alla storia del Duomo: qui sono esposti la pergamena, corredata dal sigillo, con il privilegio concesso da Carlo Magno nel 782 al vescovo di Modena, il cosiddetto codice Leges salicae (fine IX-inizio X sec.), testo miniato contenente i codici legislativi di cinque popolazioni germaniche, tra cui i decreti di Carlo Magno, ed altri manoscritti, alcuni dei quali preziosamente decorati (periodicamente possono essere sostituiti da fac-simili al fine di garantire una conservazione ottimale degli originali).
Una menzione particolare va ai due grandi arazzi fiamminghi con Storie della Genesi, facenti parte di un eccezionale ciclo composto da venti pezzi realizzati nel XVI secolo e utilizzati, fino agli anni Sessanta del Novecento, per abbellire la cattedrale.