I dati geologici e paleoambientali indicano che durante l'antica età del Bronzo (ca 1800 a.C.), lungo il Fiume Mincio, a valle dell'attuale città di Mantova, si sviluppò un lago di origine naturale. L'attuale assetto dei laghi di Mantova fu però creato nel 1190 ad opera dell'ingegnere bergamasco Alberto Pitentino. Essendo queste opere idrauliche, un monumento di ingegneria idraulica, antiche di oltre otto secoli, si è indotti a pensare che i laghi di Mantova siano anch'essi "laghi naturali" anziché sbarramenti fluviali artificiali.
Il lago Paiolo fu poi prosciugato alla metà del '700, così che la città di Mantova si trasformò in una penisola.
I laghi di Mantova dal 1984 sono parte integrante del Parco del Mincio.

Il lago Superiore è il più grande dei tre per superficie e volume ed è regolato a una quota di 18 m s.l.m, circa tre metri più alta rispetto ai laghi Inferiore e di Mezzo al secondo dei quali è collegato attraverso il manufatto di sostegno del Vaso di Porto o Vasarone. Questa diga creò per invaso la formazione del lago Superiore allontanando il rischio dell'impaludamento. Col tempo questa diga fu denominata come Ponte dei Molini, che derivava il nome da ben dodici mulini ciascuno dedicato a un Apostolo che sfruttavano a fini produttivi il salto di alcuni metri esistente tra i laghi. Il ponte fu coperto a partire dal XV secolo e più volte ristrutturato fino al 1944 quando fu distrutto da un bombardamento aereo. Fu ricostruito in forma di terrapieno con funzioni idrauliche oltre che di sostegno alla strada e alla linea ferroviaria. Attualmente è in attesa di realizzazione un progetto di sfruttamento del salto al fine di produrre energia elettrica.
Il lago si trova all'interno dei territori dei comuni di Mantova, Porto Mantovano e Curtatone risultando incluso nella riserva “Valli del Mincio” (1.426 ettari) che fu dichiarata Riserva Naturale orientata dalla Regione Lombardia in data 11.10.1984 rientrando nell’Elenco Ufficiale delle Aree Naturali Protette. Nei mesi estivi fiorisce il Fiore di Loto (nelumbium nucifera), che cresce in grandi aiuole galleggianti costituite da foglie verdi dal diametro anche di un metro sulle quali s'impennano grandi fiori bianchi e rosa. La sua introduzione nel lago Superiore fu dovuta ad Anna Maria Pellegreffi, giovane laureata in Scienze Naturali presso l'università di Parma che si occupò del trapianto dei rizomi nel 1921.