Questa villa-palazzo fu la dimora privata di Andrea Doria, ammiraglio dell’imperatore Carlo V d’Asburgo e padre della patria di Genova a metà del Cinquecento. Il nome Villa del Principe deriva dal titolo di Principe di Melfi detenuto dal Doria, che non ricoprì mai cariche di governo cittadino, pur governandola di fatto. Era circondata da giardini la cui estensione e magnificenza oggi non sono nemmeno immaginabili e possedeva uno scalo marittimo privato. Qui furono ricevuti sovrani e diplomatici di ogni nazione, imperatore compreso, ma essendo esterna alle mura cittadine, la villa non fu mai censita nei Rolli che definivano le dimore destinate a ospitare gli ospiti importanti della Repubblica. Da qui Andrea Doria controllava la città pur restando distante dal Palazzo Ducale dove l'oligarchia aristocratica governava ufficialmente la Repubblica. Il Palazzo conserva un esteso ciclo di affreschi e stucchi su temi mitologici eseguiti da Perin del Vaga, collaboratore di Raffaello, oltre a dipinti di vari artisti tra cui Piola e Tiziano. Nel giardino a mare spiccano la Fontana dei Delfini (Perin del Vaga), il gruppo del Tritone o Satiro che cavalca un Delfino e la Fontana del Nettuno (Taddeo Carlone, 1585). Ormai scomparso sotto l’espansione urbana otto-novecentesca è il giardino a monte, dove si trovava “il Gigante”, una statua alta otto metri dedicata a Giove, raffigurazione dell’imperatore Carlo V. Di questi giardini resta oggi solo la “Grotta” (seppure inglobata in un edificio moderno) ideata da Galeazzo Alessi nel Cinquecento e interamente decorata con mosaici a tema marino