Annesso alla chiesa del Corpus Domini, il museo conserva il corpo seduto e incorrotto di Santa Caterina de’ Vigri (1413-1463). Ormai annerito dai secoli è esposto ai fedeli nel suo vestito del saio francescano e siede su uno scanno di legno dorato donato al Convento da Giovanni II Bentivoglio ed è protetto da un'urna di vetro. La monaca francescana fondò il monastero del Corpus Domini nel 1456, il primo convento di suore Clarisse a Bologna.
Al museo si accede dalla seconda cappella a sinistra della navata. Ideato dal Cardinale Giorgio Gusmini (1855-1921) fu inaugurato l'8 marzo 1919. Riordinato dopo la seconda Guerra Mondiale, raccoglie alcuni oggetti appartenuti alla Santa come i manoscritti delle sue opere e dipinti fatti da lei stessa.
La Cella che ospita il museo, risale al 1680 e vi si possono vedere alcuni dipinti del Franceschini come la "Gloria d' angeli" nel catino e gli "Evangelisti" nei medaglioni; le decorazioni floreali sono di Haffner, le riquadrature del Quaini, i putti in stucco del Mazza.
Sulla porta d'ingresso è posta l'urna con i resti della beata Giovanna Lambertini, consorella della Santa; sull'accesso all'attigua sala un'altra urna con i resti della clarissa Paola Mezzavacca. Sulla parete di sinistra un reliquiario con il dipinto della "Madonna del Pomo" attribuito al pennello della Santa.
Sempre suoi anche i manoscritti nella vetrina sottostante: il trattato delle "Sette armi necessarie alla battaglia spirituale" e "l'Ufficio Divino" e un'immagine ad acquerello di un Bambino Gesù che veniva portata per devozione ai malati.
Sulla parete di destra è visibile una "giga" (o ribeca), strumento musicale del '400.
La descrizione è tratta da: "Guida alle gallerie e ai musei di Bologna" di Paola Emilia Rubbi e Oriano Tassinari Clò.