Secondo un documento del 1466 era il luogo dove si riuniva il Parlamento cittadino, al rintocco delle campane della Cattedrale.
Nel 1601 un incendio in un magazzino di piazza Mercantile si propagò dalle case vicine fino al palazzo. Essendo in esso custodito l'arsenale molte persone intervennero prontamente per portare via i barili di polvere da sparo e scongiurare il peggio. Purtroppo gli ultimi due barili furono raggiunti dalle fiamme generando un'esplosione che fece 60 vittime e distrusse molti edifici, tra cui la vicina chiesa di Santa Maria della Misericordia.
Nel 1602 l'Università fece ricostruire il Palazzo e nel 1604 sulla torre fu inserito un orologio fatto venire dalla Germania, il primo in Puglia a rintoccare i quarti oltre le ore.
Nel Settecento il mercante ferrarese Stefano Fabbri fece costruire la loggia.
Il Palazzo del Sedile fu poi adibito a Teatro Comunale: nel 1835 tuttavia durante uno spettacolo uno scricchiolio fece temere il crollo di tutta la struttura: molto panico ma nessuna vittima. Da allora fu tuttavia deciso di non usarlo più come teatro e il palazzo venne venduto a dei privati.
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