Il Museo Archeologico Etnologico fa parte, assieme al Museo d'Arte, dei Musei Civici di Modena, che hanno sede nel Palazzo dei Musei, settecentesco edificio all'interno del quale sono ospitati anche la Galleria Estense, la Biblioteca Estense Universitaria, l'Archivio Storico Comunale e la Biblioteca d'Arte Poletti.

Il Museo Civico di Modena, nato nel 1871 a seguito degli scavi, soprattutto preistorici, realizzati uniformandosi ad una prospettiva evoluzionista che ben si adattava all'idea di progresso sostenuta dall'ideologia positivista del tempo, comprende, grazie all'opera illuminata del suo primo direttore Carlo Boni, anche raccolte etnologiche e d'arte. Nel 1962 il Museo Civico è stato suddiviso in due settori (Museo Archeologico Etnologico e Museo d'Arte Medievale e Moderna) pur conservando l'indiscutibile unità del percorso espositivo riordinato nel rispetto dell'originale sistemazione ottocentesca. 

I materiali provenienti dagli scavi ottocenteschi rappresentano ancora oggi un nucleo importante della raccolta archeologica, nella quale sono pure confluiti i numerosissimi reperti della collezione dell'archeologo Fernando Malavolti e le testimonianze degli scavi recenti della città e del territorio circostante. 

Il percorso segue un ordinamento cronologico che si snoda attraverso un sistema continuo di vetrine ottocentesche, contenenti materiali dal Paleolitico al Medioevo e descrive uno straordinario tracciato temporale che attraverso le testimonianze della cultura materiale permette di seguire il percorso storico di una città e del suo territorio. 

Particolarmente rilevanti sono le raccolte relative al Neolitico e all'Età del Bronzo, ma non mancano numerosi ed importanti reperti dell'Età del Ferro, etrusca e romana.

La sezione etnologica, costituitasi tra il 1875 ed i primi decenni di questo secolo, è composta da materiali di diverse aree geografiche che in molti casi testimoniano culture ormai scomparse o in via di estinzione. La sistemazione attuale delle raccolte rispetta l'originaria suddivisione ottocentesca per aree geografiche: Nuova Guinea, Perù, America del Sud, Africa e Asia.