Inaugurato il 9 maggio 1999, il Museo Ebraico di Bologna (MEB) è stato istituito allo scopo di conservare, studiare, far conoscere e valorizzare il ricco patrimonio culturale ebraico profondamente radicato a Bologna e in molte località dell'Emilia Romagna.
Data l'esigua presenza ebraica in Emilia Romagna (500 unità tra Bologna, Ferrara, Modena e Parma), il Museo è stato studiato prevalentemente per un pubblico non ebraico. Il tema centrale del Museo, oltre a quello dell'identità ebraica dalle origini ad oggi, è l'antica presenza ebraica a Bologna e in Emilia Romagna. I più vari strumenti comunicativi (video, pannelli grafici e CD-rom) aiutano il semplice visitatore ed il ricercatore specializzato a ripercorrere la millenaria storia del popolo ebraico, raccontata anche attraverso le testimonianze pervenute da sinagoghe, cimiteri, ex ghetti (suppellettili, apparati religiosi, libri sacri ). Sono previsti anche percorsi storici esterni al museo. Il Museo Ebraico di Bologna costituisce il centro del sistema museale ebraico dell'Emilia Romagna, che vede nella sede bolognese la sua base culturale-informativa e nel territorio, con il suo patrimonio architettonico, artistico, librario e documentario, l'insieme delle testimonianze della tradizione ebraica ancora oggi presenti in Emilia-Romagna.
Il Museo ha una superficie complessiva di 800 mq. suddivisa in tre sezioni: “mostra permanente”, “attività temporanee”,  “centro di documentazione e biblioteca”. Nella sezione “mostra permanente” il visitatore può affrontare il tema dell'identità ebraica: per punti essenziali è illustrata la storia del popolo ebraico in un arco di tempo di quasi 4000 anni. La sezione “attività temporanee” ospita un ricco programma di appuntamenti settimanali: corsi e seminari di lingua, arte e cultura ebraica, conferenze, presentazioni di libri, incontri e dibattiti, oltre che spettacoli e concerti, visite guidate e laboratori. Il museo organizza inoltre viaggi in Emilia Romagna, in Italia e all'estero per promuovere la conoscenza del ricco patrimonio storico, artistico e monumentale.
Nella sezione delle attività temporanee, inoltre, si trova la libreria specializzata in Judaica, che con i suoi 800 titoli circa offre una panoramica completa e costantemente aggiornata su ogni aspetto della cultura ebraica. La III sezione ospita la biblioteca, con più di 2000 volumi, un archivio documentario e postazioni informatiche per il pubblico, necessarie per la consultazione dei contenuti del Museo e per i collegamenti in rete. Nel 2000 il Museo Ebraico di Bologna ha conseguito il prestigioso riconoscimento dell'Associazione Design Industriale come miglior allestimento museale per la comunicazione del 1999.