Les salles, qui abritent aujourd'hui le musée, étaient autrefois le siège de l'Agence juive au cours de la première décennie du 20e siècle et le bâtiment était en quelque sorte au centre du flux d'immigrants juifs qui passaient du nord-est de l'Europe vers est maintenant devenu le pays d'Israël. Le musée a été créé pour protéger ce passé juif et pour donner un foyer définitif au judaïsme appartenant à la communauté juive de Trieste depuis des siècles. En plus de cela, le musée de la communauté juive présente un certain nombre de documents historiques extrêmement importants, avec une section dédiée à la mémoire des natifs de Trieste déportée pendant la Shoah, le "Gal Avanim" Orto Lapidario (Jardin Lapidaire) qui contient dernière preuve du cimetière juif de Trieste.