Fondé sur les ruines d'un temple dédié à Minerva Calcidica pendant le VIIe siècle, il a été reconstruit avec des formes gothiques pendant le XIIème siècle. À la Renaissance, la façade a été réorganisée et d'importants travaux internes ont été réalisés. Sur la façade, il ne reste que trois portails de l'époque. Une attention particulière doit être portée à l'obélisque égyptien, soutenu par un petit éléphant, situé à côté de l'église.

Conçu à l’origine pour décorer le Palazzo Barberini, c’est un exemple de la grande force du Bernin. L’obélisque antique a été retrouvé dans le jardin du Monastero di Santa Maria Sopra Minerva et les frères voulaient qu’il soit élevé sur leur place. La belle façade de l'église qui la regarde de côté est assez singulière pour le contraste: elle est si simple qu'elle ne laisse aucune place à la fantaisie.

L'intérieur représente le seul exemple de complexe architectural gothique à Rome. Il comporte trois nefs avec des voûtes croisées posées sur des pilastres, dont le revêtement en marbre et la décoration picturale sont le résultat de la restauration (1850) qui a privé le monument de son aspect d'origine.