La collection du musée comprend les objets les plus précieux de la basilique, également appelés «Bethléem de l’Ouest», tels que des reliques saintes, des calices, des ostensoires et des vêtements liturgiques.

Les objets sont exposés dans huit salles et sont regroupés par thèmes, de l’histoire de la basilique aux personnes qui y ont joué un rôle important, comme Carlo Borromée ou le pape Pie IX.

Parmi les peintures figurent la “Salita al Calvario” de Sodoma et trois œuvres de Beccafumi: la “Madonna con Bambino”, “Sant’Antonio da Padova” et “Santa Caterina”.

D'autres partitions intéressantes sont les anciennes partitions de la chapelle de la musique et un autographe de Pierluigi da Palestrina.