Le complexe archéologique qui se trouve sous la basilique de San Clemente est situé dans la vallée qui sépare la montagne Caelius de la colline Esquiline. Les structures actuellement visibles appartiennent à deux bâtiments. La première consiste en une maison d’au moins deux étages construite entre la fin du premier et le début du deuxième siècle de notre ère.

Successivement entre la fin du deuxième et le début du troisième siècle, la pièce centrale de la maison a été transformée en Mithreum. Les murs latéraux de la salle centrale du sanctuaire présentent deux longs bancs où la congrégation s'est assise. L'autel du culte a été placé à l'arrière d'une niche, où Mithra est représenté en train de tuer un taureau avec ses deux assistants porte-flambeau, Cautes et Cautopates.

Le Mithreum a été abandonné à la fin du IVe siècle et l’ensemble du complexe a été rempli. Ce dernier bâtiment est situé à l’est du Mithreum et à un niveau inférieur. Le complexe a probablement servi d'entrepôt ou, sur la base des inscriptions trouvées dans la zone, de monnaie pour la production de pièces de monnaie impériales.

Vers le milieu du troisième siècle, le premier étage du bâtiment fut démoli et remplacé par une nouvelle construction à identifier avec le Titulus de Clément cité par les sources, siège de la première communauté chrétienne de la zone. Au cours du IVe siècle, le bâtiment fut en partie démoli pour ériger l’église paléochrétienne encore visible sous l’actuelle église.