Les catacombes de San Callisto sont les plus connues des catacombes romaines et le premier lieu de sépulture souterrain officiel des premiers chrétiens, notamment de nombreux martyrs des deuxième et troisième siècles. C'était probablement Calixte qui était principalement responsable du fait que l'Église devenait le propriétaire légal des cimetières. Calixtus a été nommé administrateur du cimetière qui porte son nom par le pape Zephyrinus. En 217, il succéda à Zéphyrin en tant que pape et mourut cinq ans plus tard.

Des fouilles ont révélé cinq niveaux différents de loculi, des niches où les corps, enveloppés dans des draps, étaient placés en gradins. Les ouvertures des loculi ont été fermées par des dalles de marbre, mais celles-ci ont disparu depuis longtemps, de même que les artefacts de valeur. Une attraction majeure est la crypte papale avec les restes de plusieurs premiers papes martyrs. À proximité, avec ses fresques byzantines, se trouve le Cubiculum de Sainte Cécile, dont le corps a été découvert ici par le pape Pascal I et transféré à Santa Cecilia in Trastever. Dans les autres cabines, des fresques et des symboles chrétiens sont gravés sur les murs. Dans la crypte de Saint-Eusèbe se trouve un sarcophage contenant deux corps momifiés.