Le précieux édifice gothique qui entretient des relations avec la tradition du roman de Pistoia à l'extérieur de l'extérieur s'appelle in corte pour le lien avec le lombard curtis domini regis.

Il a été construit dans sa forme actuelle juste après le milieu du XIVe siècle. Cependant, la mise en page originale doit remonter à une époque antérieure, puisqu'un San Giovanni devant la cathédrale est déjà documenté au début du 12ème siècle. Selon la tradition, c’est tout juste après le milieu de ce siècle que l’évêque Atto s’est retrouvé inhumé, ce à quoi Pistoia doit l’introduction de l’important culte de S. Jacopo. Bien que la structure originale ne soit pas connue, le baptistère, comme le veut la typologie la plus répandue de ces bâtiments, avait probablement un plan central et le centre était occupé par les fonts baptismaux. Lanfranco da Como a réalisé en 1226 la source que nous admirons encore aujourd'hui.

La date et la signature peuvent être lues dans la belle inscription en caractères non-faciaux que l'on trouve à l'intérieur du réservoir. Au début du XIVe siècle, la municipalité décida de rénover le baptistère, mais la compagnie ne put même pas déclencher la guerre alors que les Lucchesi et les Florentins avaient déménagé à Pistoia. Une fois le premier quart du siècle et la crise politique qui avaient sévi dans la ville vaincue, les travaux commencèrent et, une fois le revêtement en marbre atteint, le chantier fut confié à Cellino di Nese, ancien maître constructeur du baptistère et du camposanto de Pise.

Depuis lors, l'usine de San Giovanni a continué régulièrement: la grande couverture a été achevée et l'église a été achevée dans la seconde moitié du 14ème siècle. Cellino di Nese était donc le principal architecte du parement extérieur dont l'utilisation raffinée de marbres de couleurs différentes offre une interprétation particulière de la tradition romane de Pistoia; probablement Cellino était également l'auteur d'une partie du décor sculptural qui anime l'embellissement du marbre. Les sculptures de la lunette du portail ainsi que les bas-reliefs de l'architrave sont plutôt l'œuvre d'un artiste proche des voies du plus célèbre Giovanni d'Agostino.

Dès la première moitié du XVIIe siècle, le baptistère abrite l'autel en bois, ancien haut autel de la basilique de la Madonna dell'Umiltà. Au cours des siècles, le baptistère a subi plusieurs interventions de restauration majeures, notamment celles réalisées vers le milieu du siècle dernier et la plus récente, qui malgré le retour à son apparence d'origine, les fonts baptismaux de Lanfranco cachés par le Les interventions du sculpteur Andrea Vaccà au baroque tardif ont transformé l'ancien bâtiment en une salle en briques nues et simples.

Aujourd'hui, le baptistère a perdu sa fonction liturgique et accueille parfois des manifestations culturelles.