Aujourd'hui, le musée comprend trois salles. Dans l’ensemble, de taille plus grande, il existe, sur deux niveaux, les sections de: Ostéologie avec différents types de squelettes du nouveau-né à l’adulte, une riche collection de crânes, y compris la section consacrée aux "personnes illustres" avec le crâne de la le scientifique Valentino Brugnatelli, les os du tronc, les membres supérieurs, les membres inférieurs; la section d'angiologie qui conserve dans le boîtier central, les "statues naturelles", des cadavres entiers prêts à sécher obtenus avec la technique d'injection des vaisseaux, en plus d'une série de préparations relatives au cœur, aux systèmes veineux, artériel et lymphatique; la section sur l'embryologie avec des embryons, des fœtus humains et des utérus en gestation; la section Anatomie générale avec des préparations fines liées au tissu conjonctif, cartilagineux et osseux, des préparations de vaisseaux musculaires, nerveux et sanguins.

Dans les deux salles plus petites, il y a des préparations liées à la splacnologie, l'esthétiologie, la neurologie et l'anatomie topographique.