L’histoire nous dit qu’en 1198, à l’endroit où se trouve la cathédrale, il y avait une église dédiée à la Vierge par la reine Constance. L'église a été presque complètement détruite par un incendie lors des funérailles du roi Conrad IV d'Allemagne; Vers 13 heures, ils ont commencé à reconstruire l'église en la décorant de mosaïques byzantines. À l'extérieur, un cadre ajouté a été créé. L'une des fenêtres à double lancette est toujours d'origine. Au cours des siècles, d'importants artistes se sont succédé pour créer des œuvres à l'intérieur et à l'extérieur du bâtiment: Pietro da Boninate, GB Mazzolo, Leterrio Subba, Antonello Gagini, Giovanni Angelo Montorsoli, Ignazio Buceti, Andrea Calamech, Guarino, Ferrante di Bologne, etc. Le bâtiment a été endommagé lors des tremblements de terre de 1693 et ​​1783, lorsque le clocher s'est également effondré. En 1863, les travaux de restauration ont commencé, mais un autre séisme en 1908 a entièrement détruit la cathédrale. La reconstruction, financée par le gouvernement fasciste, a pris fin en 1929 lorsque la cathédrale a été ouverte le 15 août. Lorsque la seconde guerre mondiale a éclaté, les attentats à la bombe ont endommagé Messine. En 1943, des bombes incendiaires à action retardée sont tombées dans la nef de la cathédrale, provoquant un incendie qui a causé plus de dégâts que le tremblement de terre. Après une autre reconstruction, la cathédrale fut ouverte en 1947.

La basilique occupe aujourd'hui une superficie de 53 820 pieds carrés; il a une nef et deux bas-côtés séparés par deux rangées de douze colonnes de béton armé avec des chapiteaux faits du même matériau, qui sont des copies de ceux d'origine en pierre. Au milieu du maître-autel se trouve une peinture de la Madonna della Lettera, réalisée par Adolfo Romano, recouverte d'une manta en argent. Le grand orgue polyphonique reconstruit et inauguré en 1948 est enchanteur. Il est composé de 17 500 tuyaux.

Une visite au Tesoro del Duomo est particulièrement intéressante. À l’intérieur, on trouve plusieurs œuvres, y compris la manta d’or de 1668 commandée par le Sénat et payée à l’aide des impôts de l’étudiant en dernière année de l’université. Il est utilisé lors de cérémonies importantes (telles que la fête de la Madonna della Lettera); une pomme de pin en cristal de roche est utilisée comme reliquaire des cheveux de la Vierge.