Ouvert en 1854 et enrichi jusqu'en 1926 principalement par les directeurs anatomiques Paolo Gaddi et Giuseppe Sperino, le musée compte environ cent mille pièces exposées selon le critère de l'anatomie descriptive, c'est-à-dire avec des finalités documentaires des différents appareils humains.

Parmi les préparations naturelles, on peut citer la collection de squelettes de fœtus en position dressée, fixés dans diverses attitudes (49 spécimens du deuxième au huitième mois de croissance) et trois momies réalisées au XIXe siècle.

Il existe également deux collections de crânes: la collection ethnographique-anthropologique de Gaddi et le noyau intéressant de crânes classés selon la théorie de Lombroso, le fondateur de l'anthropologie criminelle.

Les cires anatomiques exécutées dans la seconde moitié du XIXe siècle par le modeleur de cire Remigio Lei, sous l'Université de Modène en tant que modeleur de l'Institut d'anatomie, et la terre cuite peinte du XVIIIe siècle méritent une attention particulière. grandeur nature, illustrant les différentes étapes de la grossesse et de l'accouchement, œuvre de Giovan Battista Manfredini de Bologne sous la direction de l'anatomiste Francesco Febbrari.

Le musée tire son origine d'un noyau initial, construit sous le règne de Francesco III d'Este et correspondant au rez-de-chaussée actuel, avec l'inclusion de la loggia, du théâtre anatomique et de quelques salles adjacentes.

L'inauguration du théâtre a eu lieu en 1775 grâce à l'engagement du célèbre anatomiste Antonio Scarpa, professeur d'anatomie à l'université de Modène. La conception du théâtre a été conçue par Scarpa lui-même, qui s’inspire du théâtre anatomique de l’Université de Padoue, la plus ancienne d’Italie.

Dans cette première phase, le musée n'était pas encore compris, mais certaines pièces y conservées datent de cette époque. On sait par exemple que le même Scarpa avait invité à Modène le céroplaste Giovan Battista Manfredini, qui avait précédemment réalisé une cinquantaine de modèles d'objet obstétrical en terre cuite, pour effectuer différentes préparations, non disponibles à ce jour.

Dès son inauguration, la physionomie du musée, avec ses quatre salles communicantes, les tableaux d'affichage et les fenêtres du schéma typique du XIXe siècle est restée inchangée: cela est dû à l'affichage sur les tableaux d'affichage de la troisième salle également liés aux animaux, du fait que l’anatomie comparée fait depuis longtemps partie intégrante de la recherche anatomique en général.