Le premier cimetière juif de Bologne, situé entre l'église de Baraccano et celle de San Pietro Martire, a été fermé en 1569 après l'expulsion des juifs de la ville. Afin de ne laisser aucune trace, leur cimetière fut cédé à des religieuses de San Pietro, puis complètement détruit. Les quatre pierres tombales du musée médiéval proviennent de ce site antique.

La pierre tombale de Shabatài Elkanàn de Rieti est particulièrement remarquable. Elle constitue un exemple rare d'art figuratif juif, car la règle interdisant la fabrication d'images au tonneau n'a pas été respectée. Sur le devant, sur une base rustiquée, on voit le buste d'un jeune homme tenant un parchemin avec une épigraphe en caractères juifs. Le dos présente une tête ailée en bas-relief tenant un texte poétique en hébreu et deux putti sculptés ailés décorent les côtés. Ces pierres sont des témoignages importants non seulement de l'art funéraire mais également du style d'écriture juive de l'époque.
Le cimetière juif actuel, créé en 1869, est situé au cimetière monumental de Certosa à Bologne.