Una obra muy hermosa de A. Palladio que no la vio terminada; Tiene mucho en común con la Iglesia del Redentor. El interior en forma de una cruz latina con una nave y dos pasillos contiene obras de maestros como J. Tintoretto, J. Palma il Giovane y V. Carpaccio.

El presbiterio es de particular interés, ya que contiene dos obras maestras de J. Tintoretto: La última cena y el maná del cielo.
Continuando sustancialmente con el diseño del Refectorio, pocos años después, Palladio emprendería la construcción de la gran iglesia del convento, sin duda su proyecto más complejo y difícil desde la construcción de las logias de la Basílica en Vicenza. La gran riqueza del monasterio y de la poderosa Congregazione di Santa Giustina dictó la escala de la empresa; Los requisitos litúrgicos precisos y las tradiciones del orden determinaron la elección de un plan longitudinal, así como la presencia del coro, el presbiterio, el cruce, la nave y la cúpula.

Entre noviembre de 1565 y marzo de 1566, el proyecto de Palladio se desarrolló en el modelo que impresionó tan profundamente a Giorgio Vasari en su visita a Venecia. En enero del año siguiente, se redactaron los contratos con los albañiles y constructores, estipulando que debían seguir los perfiles de moldeado y las medidas indicadas por Palladio. En 1576 la estructura general fue rematada. Muchos años después, entre 1607 y 1611, la fachada actual fue construida y estudios recientes han demostrado que está muy lejos de los deseos originales de Palladio. Al igual que León Battista Alberti un siglo antes que él, Palladio tomó como modelo a los grandes baños de la antigua Roma. En el plano, uno puede discernir claramente las cuatro entidades espaciales diseñadas por Palladio para componer el cuerpo del edificio.

Siguiendo la nave con bóveda de cañón contra la que se encuentran tres bóvedas en cruz, un verdadero y propio frigidarium de los baños romanos, surge la inesperada expansión lateral de los ábsides y la vertical del gran tambor y la cúpula. Junto a este último, Palladio estableció el espacio extremadamente estudiado del presbiterio, a través de cuya pantalla de columnas se puede ver el coro, que constituye un espacio interior-exterior, casi como si la pantalla de columnas fueran los pronaos de una villa a través del cual se vislumbró el campo. La secuencia de espacios discurre a lo largo de un eje central muy enfático que garantiza la continuidad y el paso de una zona de la iglesia a otra.

En los detalles del pedido, Palladio buscó la mayor variedad, rechazando soluciones fáciles y predecibles, y puso gran énfasis en la fuerza plástica de los miembros arquitectónicos: las columnas comprometidas se hinchan más allá de sus diámetros, las pilastras sobresalen En gran medida, y la continuidad vertical se busca continuamente a lo largo de los elementos del orden. El resultado es un edificio de grandeza, que resucita las emociones espaciales de los antiguos logros romanos.