El Museo Instrumental de la Academia de Santa Cecilia fue fundado en 1895 con el nombre de Museo Instrumental Antiguo y Moderno de la Academia, con el propósito de ofrecer una amplia visión general de los diversos tipos de instrumentos de la tradición musical popular y culta.

Sus orígenes se remontan al concierto histórico promovido por la Sociedad Musical Romana en mayo de 1889, durante el cual se tocaron instrumentos antiguos. Cinco de ellos fueron donados a la Academia y se exhiben en el Museo.

En 1900, la colección contó con 77 instrumentos, parcialmente comprados por la Academia, en parte donados por anticuarios y coleccionistas. En 1926, la colección de laúdes y mandolinas de la reina Margherita de Saboya, compuesta por 26 ejemplares de las escuelas napolitana y milanesa, fue donada al Museo.

Otro número conspicuo de especímenes provino de los Concursos Nacionales sobre el Arte de los laúdes (1952-56) promovidos por la Academia y de la donación en 1962 del violinista Gioacchino Pasqualini. Actualmente solo una parte de los 260 instrumentos de la colección se exhiben en vitrinas.

El espécimen más importante y más conocido es el violín Stradivari llamado "Il Toscano" del Cuarteto Medicean adquirido en 1953 por el Estado italiano para la Academia. Los especímenes de laúdes de arco que datan del siglo XVI y la espineta flamenca de 1623 son valiosos.

Los 80 especímenes de la sección etnográfica provenientes del centro y sur de Italia, Europa continental, África central, Medio Oriente y el Lejano Oriente son de particular interés.