La iglesia de S. Bernardo se construyó en el siglo XV, en el sitio del antiguo hospital de Osnello (nombrado así por el fundador) que se mencionó por primera vez en 1189. Construida en una de las calles más antiguas de esta parte de Pisa, estaba destinada a albergar peregrinos y caminantes. Esta calle, ahora a través de Pietro Gori, una vez fue llamada Carraia Minucioli, luego Cerraia Gonnelle.
Un edificio medieval anterior, destruido a mediados de los años 1200, fue reconstruido en 1401 y se unió al convento cisterciense de S. Bernardo; En 1444, las monjas reconstruyeron completamente todo el complejo religioso, pero más tarde esto también sufrió una gran renovación y muchas adaptaciones. En 1616, el edificio y su piso interno se levantaron y, a mediados de la década de 1700, la Iglesia se rediseñó con el aspecto que tiene hoy. La iglesia perteneció a las monjas cistercienses hasta principios del siglo XIX, cuando, tras la supresión de los monasterios, se mudaron a la iglesia de S. Silvestro.
Los arcos de ladrillo y las ventanas en la pared exterior izquierda probablemente datan del siglo XV. Otros edificios con arcos de ladrillo que pertenecen al hospital medieval tardío se pueden seleccionar en la vía S. Bernardo y en el vicolo Scaramucci.
En el interior, aún se pueden ver los restos de las decoraciones barrocas del edificio, con molduras de yeso dorado de Antonio Ferri y frescos en el techo abovedado con Historias de la vida de San Bernardo de Tommaso Tommasi. En las paredes, en elaborados marcos de estuco, hay dos frescos de G. Battista Tempesti pintados a mediados del siglo XVIII.
Hoy la iglesia está desconsagrada. Ahora llamado "Cantiere S. Bernardo", es utilizado por un grupo de jóvenes artistas para sus actividades.