Las colecciones paletológicas y paleontológicas se originan en la colección Regnoli, médico pisano que en 1867 realizó las primeras excavaciones de las cuevas prehistóricas de Versilia y Monte Pisano. A estos hallazgos, se han agregado una cantidad de materiales de excavaciones en varias regiones italianas, que van desde el Paleolítico hasta la Edad del Bronce, a lo largo del tiempo.
También hay vaciados de obras de arte prehistóricas y una gran colección de restos de animales encontrados durante las excavaciones, útiles para la reconstrucción de ambientes del pasado y el análisis de la economía de esa época.
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