La referencia más temprana a un astillero en Pisa es a principios de 1200 cuando el astillero de la ciudad se construyó hacia el oeste justo fuera de las murallas. Este astillero estaba destinado tanto a la construcción naval como a las reparaciones para servir a las cocinas. Alrededor de mediados del siglo, se construyeron fortificaciones alrededor de esta zona cerca de las murallas de la ciudad. En aquellos días, un canal unía el astillero al río; probablemente se ubicó cerca de la esquina suroeste de las fortificaciones, y entró "oblicuamente" en una cuenca interna rodeada por un cobertizo de arco redondo, cuya única huella son los siete arcos que se pueden ver incorporados en el tramo del siglo XIII Murallas de la ciudad en el sur. Hacia finales de siglo se erigieron varias torres fortificadas.

Parece que se han realizado una serie de cambios en el siglo XIV: los muros de la ciudad se levantaron en altura, los cobertizos del siglo XIII se demolieron y el muro defensivo del sur se movió hacia el norte. El canal se trasladó a una posición más central y se construyeron nuevos galpones, con arcos góticos, para las galeras. Estos son los cinco pasillos de ruinas que aún se ven hoy en el lado oeste de esta área.