El Museo está ubicado dentro del edificio central de la universidad, con vista al patio de los caídos, el antiguo patio médico de la Universidad.

Inaugurado en 1936, conserva manuscritos, textos impresos, instrumentos científicos preparados anatómicos y naturalistas que constituyen un testimonio de la historia de la Universidad desde sus orígenes medievales.

En la segunda mitad del siglo XVIII, cuando, después de las reformas buscadas por la emperatriz de Austria, María Teresa, la Universidad de Pavía se convirtió en uno de los centros científicos más vanguardistas de Europa, que se remonta a Los núcleos originales de las colecciones principales, la sección de física, se reunieron alrededor de los instrumentos del antiguo laboratorio de Alessandro Volta, y la sección de medicina, heredera de las colecciones anatómicas que Antonio Scarpa había organizado en las instalaciones que actualmente albergan el Museo.

En la sección de medicina, dividida en tres salas, se guardan instrumentos y preparaciones que se refieren a la actividad de la escuela anatómica de Antonio Scarpa y al museo de historia natural de Lazzaro Spallanzani, ambos llegaron a Pavia en A finales del siglo XVIII, para avanzar en el campo de la cirugía y la clínica a lo largo de los siglos XIX y XX, con figuras como Luigi Porta y Carlo Forlanini, y la actividad de la escuela científica fundada por Camillo Golgi, el primer italiano en ganar, en 1906. - El Premio Nobel de medicina gracias al desarrollo de un método histológico que sentó las bases de la neurociencia moderna.

En la sección de física se reconstruyó el Gabinete de física de Alessandro Volta, que originalmente se encontraba en el primer piso, con vista al pórtico legal, en salas adyacentes al Teatro físico.

Bajo la dirección de Volta, a partir de 1778, el Gabinete fue equipado con los más nuevos instrumentos para la enseñanza y la investigación y se convirtió en un lugar admirado por numerosos visitantes italianos y extranjeros. Una segunda sala alberga los instrumentos utilizados por los sucesores de Volta durante el siglo XIX.

El Museo también conserva un archivo que abarca un arco cronológico desde principios del siglo XV hasta el siglo XX. La documentación, que es particularmente interesante en lo que se refiere a la historia de la medicina, constituye una integración importante de lo que se conserva en el Archivo Estatal de Pavía (el antiguo archivo de la Universidad) y en el Archivo Histórico de la Universidad.