Hoy el museo consta de tres salas. En general, de mayor tamaño, hay, en dos niveles, las secciones de: Osteología con varios tipos de esqueletos desde recién nacidos hasta adultos, una rica colección de cráneos, incluida la sección dedicada a "personas ilustres" con el cráneo del el científico Valentino Brugnatelli, los huesos del tronco, las extremidades superiores, las extremidades inferiores; la sección de Angiología que conserva en el caso central, las "estatuas naturales", cuerpos enteros preparados para secarse obtenidos con la técnica de inyección de los vasos, además de una serie de preparaciones relacionadas con el corazón, el sistema venoso, arterial y linfático; la sección sobre embriología con embriones, fetos humanos y úteros en gestación; La sección de Anatomía General con preparaciones finas relacionadas con tejido conjuntivo, cartilaginoso y óseo, preparaciones de músculos, nervios y vasos sanguíneos.

En las dos salas más pequeñas hay preparaciones relacionadas con la esplacnología, la estesiología, la neurología y la anatomía topográfica.