Según Opicino de 'Canistris, que fue párroco en Pavia de 1323 a 1329, esta es la iglesia más antigua de la ciudad, y durante más de seiscientos años albergó el cuerpo de San Siro, fundador de la primera comunidad cristiana en Pavia, que vivió en la primera mitad del año. Siglo 4 dC C .. Fue dedicado a los santos Gervasio y Protasio, mártires del siglo III, por la custodia de sus reliquias, descubierta en Milán por Sant'Ambrogio en 386 y llevada a Pavía por sant'Invenzio, quien fue el tercer obispo de Pavía después de San Siro y San Pompeo. A lo largo de los años, la presencia de monjes benedictinos se ha visto desde el siglo XII y de un hospicio para peregrinos, establecido en 1366 y reconstruido hacia fines del siglo XVI, cuando fue confiado a la Tercera Orden Franciscana.

Siempre fueron los franciscanos, entre 1712 y 1718, quienes reconstruyeron la iglesia como la vemos ahora, invirtiendo su orientación. Después de esta transformación, la fachada románica fue demolida, reemplazada por el ábside actual, y el ábside original, reemplazado por la nueva fachada de estilo clásico. En 2004, se encontró un ciclo de frescos del siglo XVI en la capilla de San Siro, cuya restauración se completó en 2009, lo que le permite ser calificado como el hallazgo histórico-artístico más importante del siglo en Pavia.