El precioso edificio gótico que mantiene las relaciones con la tradición románica de Pistoia en el exterior del exterior se llama en la corte por el vínculo con la región de Lombard dominis regis.

Fue construido en su forma actual justo después de mediados del siglo XIV. Sin embargo, el diseño original debe remontarse a una época anterior, ya que un San Giovanni frente a la Catedral ya está documentado a principios del siglo XII. Según la tradición, fue poco después de la mitad de ese siglo cuando el obispo Atto se encontró a sí mismo enterrado, a lo que Pistoia le debe la introducción del culto importante para S. Jacopo. Aunque no se conoce la estructura original, el baptisterio, como quiere la tipología más extendida de estos edificios, presumiblemente tenía un plan central y el centro ocupado por la pila bautismal. Lanfranco da Como realizó en 1226 la fuente que aún admiramos hoy.

La fecha y la firma se pueden leer en la hermosa inscripción en caracteres originales que se encuentran dentro del tanque. A principios del siglo XIV, el Municipio decidió renovar el baptisterio, pero la compañía ni siquiera pudo comenzar la guerra que los Lucchesi y los Florentinos trasladaron a Pistoia. Una vez superado el primer cuarto de siglo y la crisis política que había azotado la ciudad, comenzaron los trabajos y, una vez alcanzado el revestimiento de mármol, se confió el sitio de construcción a Cellino di Nese, antiguo maestro de obras del Baptisterio y del Camposanto de Pisa.

Desde entonces, la fábrica de San Giovanni continuó con regularidad: se completó la gran cobertura y en la segunda mitad del siglo XIV se completó la iglesia. Cellino di Nese fue, por lo tanto, el principal arquitecto del revestimiento exterior cuyo uso refinado de mármoles de diferentes colores ofrece una interpretación particular de la tradición románica de Pistoia; Probablemente Cellino fue también el autor de parte de la decoración escultórica que anima el adorno de mármol. Las esculturas de la luneta del portal junto con los bajorrelieves del arquitrabe son, en cambio, la obra de un artista cerca de los caminos del más famoso Giovanni d'Agostino.

Desde la primera mitad del siglo XVII, el baptisterio alberga el altar de madera que una vez fue el altar mayor de la Basílica de la Madonna dell'Umiltà. A lo largo de los siglos, el baptisterio ha sido objeto de varias intervenciones de restauración importantes, incluidas las realizadas a mediados del siglo pasado y la más reciente, que a pesar de haber vuelto a su aspecto original, la fuente bautismal de Lanfranco, oculta por la Las intervenciones del barroco tardío del escultor Andrea Vaccà han transformado el antiguo edificio en una habitación simple y sencilla.

Hoy el baptisterio ha perdido su función litúrgica y, a veces, alberga eventos culturales.