Las recientes excavaciones arqueológicas han revelado que el área de Giardino Scotto (que no siempre ha sido un parque) sufrió muchos cambios. Debido a que estaba al lado de la vía principal por Aemilia Scauri, probablemente ya estaba parcialmente habitada en la época romana. Fue abandonada completamente a lo largo de la Edad Media temprana, pero en 1095 se fundó aquí la iglesia de S. Andrea en Chinzica. En el siglo 13, se había convertido en un área próspera de artesanos, en su mayoría alfareros, por lo que era conocida como Baractularia. Durante el siglo XIV se establecieron varias fundiciones de campanas para lanzar campanas en bronce, un oficio en el que la maestri Pisan se destacó.

Después de conquistar Pisa en el siglo XV, los florentinos construyeron aquí una ciudadela fortificada (1440- 75), para vigilar a los habitantes de la ciudad. Brunelleschi participó en el proyecto. Para construir la ciudadela, todas las construcciones de la zona fueron demolidas, pero se utilizaron parte de las murallas medievales de la ciudad, de las cuales aún quedan en pie dos torres semicirculares y una muralla de piedra y un acantilado al oeste.

En 1495 la fortaleza fue parcialmente destruida durante un levantamiento pisano. Entre 1509 y 1512, después de la segunda conquista florentina, Antonio da Sangallo utilizó parte de la construcción anterior para construir un nuevo fuerte en forma de estrella hacia el sur, todavía visible hoy en día desde la plaza Guerrazzi, y un bastión a orillas del Arno.
La fortaleza fue desmantelada en 1785 y en lugar del bastión se construyó una mansión, propiedad de Domenico Scotto, de quien tomó su nombre. La parte de la fortaleza detrás de la casa se convirtió en un jardín privado. En 1936, cuando el palacio se convirtió en la Regia Questura, los últimos herederos donaron el parque a los ciudadanos de Pisa.