El jardín de hierbas de Pavia (Orto dei Semplici), mencionado desde 1558, se reubicó entre 1772 y 1774 como un jardín botánico en sus terrenos y locales actuales (anteriormente la rectoría de Sant'Epifanio). Los trabajos comenzaron en 1776 en la construcción de los conservatorios de madera (arquitecto G. Piermarini), que se reconstruyeron en mampostería a principios del siglo XIX (arquitecto L. Canonica). Estos son conocidos como los "conservatorios Scopoli", en honor al médico y botánico G. A. Scopoli, quien enseñó allí desde 1777 a 1788 y también plantó el árbol monumental del plano al norte de ellos.

Los nuevos invernaderos construidos en el siglo XIX incluyen el invernadero de Briosi. El diseño actual fue desarrollado en el período 1945-48 por R. Ciferri en el modelo de los terrenos de las villas lombardas de los siglos XVII y XVIII. R. Tomaselli construyó un invernadero para especies tropicales en 1974. El jardín botánico cubre un área de dos hectáreas y tiene aproximadamente 2,000 especies. Hay azaleas y rosas al sur, coníferas al sureste y especies de hoja ancha entre el edificio y los conservatorios. Los conservatorios Scopoli contienen suculentas y cycadaceae.