Los museos de la catedral, dentro del Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO en Módena, tienen una importancia fundamental, ya que están estrechamente relacionados con la historia de la catedral. Se dividen en dos colecciones, compuestas por fragmentos de esculturas de la catedral y edificios anteriores, junto con obras e implementos que dan testimonio del vigor de la iglesia de Módena a lo largo de los siglos.

El Museo Epigráfico

El núcleo original del Museo Epigráfico se remonta a finales del siglo XIX y comprende restos esculpidos encontrados durante trabajos de excavación y Restauración de la catedral. La colección incluye esculturas y trabajos en relieve de la época romana, principalmente reciclados durante la construcción de la catedral, fragmentos de las primeras catedrales medievales, hallazgos de la época románica e inscripciones antiguas, medievales y modernas. La exposición destaca los pluteuses de la catedral medieval temprana, el sarcófago de San Geminiano, la serie fina de metopas que comprende ocho esculturas de un maestro que trabaja en el taller de Wiligelmo, que representan seres monstruosos imaginarios, junto con uno de los leones que llevan columnas de La puerta Porta dei Principi, de donde se retiró y se reemplazó con una copia después de que se dañó durante la Segunda Guerra Mundial.

El Museo de la Catedral

Inaugurado en 2000 para el Gran Jubileo, alberga una valiosa exposición artística y Colección litúrgica que data de la época románica hasta el siglo XIX. Esto incluye implementos, esculturas, relicarios antiguos, vestimenta, pinturas y códices, con los que la ciudad de Módena ha decorado, a lo largo de los siglos, el domus Clari Geminiani.
Entre los tesoros más antiguos de la Catedral se encuentran el precioso altar portátil de San Geminiano (siglo XI), el Libro de los Evangelios escrito en el scriptorium de Nonantola (finales del siglo XI - principios del XII) y se caracteriza por una encuadernación refinada. en plata y marfil, la Relatio, un texto del siglo XII que narra la construcción de la catedral y la Staurotheke del siglo IX con encuadernación de oro, probablemente de Constantinopla.
Una habitación también está dedicada a la rica herencia del Archivo Capitular, una colección de los documentos más antiguos sobre la historia de la catedral. En la pantalla se encuentran el pergamino, completo con sello, con el privilegio otorgado al obispo de Módena en 782 por Carlomagno, el llamado códice Leges salicae (finales del siglo IX - principios del siglo X), textos iluminados que contienen los códices legislativos de cinco poblaciones germánicas , entre los que destacan los decretos de Carlomagno y otros manuscritos, algunos de los cuales finamente decorados. Estos últimos se reemplazan periódicamente por facsímiles para garantizar una conservación óptima de los originales.
Hay que destacar especialmente los dos grandes tapices flamencos con Historias del Génesis, parte de un ciclo excepcional que incluye veinte piezas del siglo XVI y que se utilizaron, hasta la década de 1960, como decoración de la catedral.