La Chiesa di San Francesco (italiana, "Iglesia de San Francisco") es una iglesia católica romana fundada por la Orden Franciscana en 1304, pero no fue consagrada hasta 1459, cuando el Papa Pío II realizó la ceremonia.

Suprimido en 1782, fue despedido en 1797, durante las Guerras Napoleónicas, y se convirtió en un arsenal en 1811. Todavía en uso militar cuando comenzó la Segunda Guerra Mundial, fue devastado por los bombardeos durante la guerra. La Capilla Gonzaga, con sus frescos que representan la vida de San Luis de Toulouse (en italiano: San Ludovico d'Angiò), se salvó y se restauró recientemente. Se suponía que estos frescos habían sido pintados por Serafino de 'Serafini, un artista que estuvo activo en Módena durante el siglo XIV. La iglesia fue reconstruida en estilo románico y gótico. Ahora visibles son algunos de los frescos originales que representan a San Francisco recibe los estigmas de Stefano da Verona. La obra de Andrea Mantegna San Bernardino de Siena entre Dos Ángeles estuvo originalmente aquí, pero ahora se encuentra en la Pinacoteca di Brera en Milán, Italia.

En la Capilla Gonzaga:, construidos entre 1369 y 1484, fueron enterrados: Guido Gonzaga, 2º capitano del populo de Mantua, Ludovico II Gonzaga, 3º capitano del popolo de Mantua, Francesco I Gonzaga, 4º capitano del popolo de Mantua, Margherita Malatesta, segunda esposa de Francesco I Gonzaga, Gianfrancesco Gonzaga, 5º capitano del popolo de Mantua, Rodolfo Gonzaga, hijo de Ludovico III, 2º Marqués de Mantua, Francesco Cardinal Gonzaga, hijo de Ludovico III, 2º Marqués de Mantua.

También en la iglesia fueron enterrados otros notables: Giovanni dalle Bande Nere, el condottiero, enterrado con armadura completa en 1526, el beato Alberto Gonzaga en 1321, Guido Torelli, el fundador de la noble familia de Torelli, en 1449 , Cristoforo I Torelli, hijo de Guido, en 1460, Francesco Secco, el condottiero propietario de la capilla familiar, en 1496.