Pinacoteca se encuentra cerca de Le Due Torri (las dos torres, símbolos de Bolonia), dentro del antiguo Noviziato Gesuita di Sant'Ignazio, un lugar construido en la segunda mitad del siglo XV para dar la bienvenida a los jóvenes que querían tomar parte de la Compañía de Jesús.
Aparte de la Pinacoteca, el edificio también alberga la Accademia delle Belle Arti y la Sopraintendenza per il Patrimonio Storico Artistico et Etnoantropologico, que incluye exposiciones y actividades de protección, preservación o investigación relacionadas con el patrimonio histórico y cultural.
En 1762, Monseñor Francesco Zambeccari donó algunas de sus pinturas del siglo XVI a la Accademia Clementina, originaria de la prestigiosa Accademia dei Desiderosi, creada por la familia Carracci en 1582, dando origen a la colección.
Desde 1803, la Accademia Clementina es reemplazada por la Accademia di Belle Arti, convirtiéndose así en Quadreria y adquiriendo su patrimonio artístico, que luego se enriqueció con otras donaciones.
Después de la supresión de la Institución por parte de las tropas napoleónicas, las obras de arte más importantes fueron enviadas a París y Milán (en el Musée Napoleón y la futura Accademia di Brera, respectivamente), donde se guardaron hasta la caída del El Imperio francés, cuando fueron trasladados a su primer lugar, la Quadrería, que más tarde se conoció como Pinacoteca.
De esta manera se creó la base actual de la colección, el primer catálogo con 274 pinturas se remonta a 1827.
Gracias a un mayor enriquecimiento, la boloñesa Pinacoteca, ya prestigiosa por su herencia religiosa, adquirió muchas obras de arte para Laicos y aristócratas, completando así su itinerario artístico entre los siglos XIV y XIX y convirtiéndose así en una de las colecciones artísticas más importantes de Europa.
Pinacoteca di Bologna es ahora considerada una de las galerías nacionales más modernas e importantes, originalmente abrió sus puertas en 1885, luego de ser dividida por la Academia.
La exposición se basa en diferentes secciones divididas según las diferentes escuelas: y el itinerario recopila obras de arte que datan de los siglos XIV y XV (Vitale da Bologna, etc.), hasta el Renacimiento (Raffaello, Perugino, Tintoretto, etc.), el manierismo (Giorgio Vasari, Bartolomeo Cesi, etc.), incluyendo también las pinturas de gran tamaño del siglo XVI.
Pinacoteca fue totalmente renovada en 1997 y en la actualidad alberga, además de 30 salas de exhibición, Sale della Belle Arti y habitaciones muy modernas en el sótano, gracias a las cuales el edificio es capaz de albergar exposiciones temporales medianas y grandes, didáctica. Actividades, seminarios y conferencias.