Obwohl die örtliche Geschichtsschreibung der legendären Präsenz der beiden Dominikaner Sisto und Ristoro, den Architekten der florentinischen Kirche San Maria Novella, zu verdanken ist, gibt es wenig Informationen über die Gründung des Pistoia-Komplexes. Ebenso scheint der Vasari-Hinweis auf eine Intervention von Giovanni Pisano, dem die Historiker von Pistoia das Portal und den Kirchenchor zugeschrieben haben, grundlos. Es ist jedoch sicher, dass die dominikanischen Väter, nachdem sie im kleinen Oratorium des Kruzifixes, noch immer Wächter einer bedeutenden Freske der letzten Jahre des dreizehnten Jahrhunderts, amteten, die neue Kirche und das angrenzende Kloster in der Mitte des 13. Jahrhunderts gründeten Jahrhundert.

Die erst im 14. Jahrhundert fertiggestellte Kirche San Domenico mit ihrem einzigartigen, breiten Kirchenschiff, dem Querschiff und den Presbyterialkapellen wurde sofort als eines der größten und prestigeträchtigsten Sakralbauten der Stadt erbaut. Die besten Künstler, die zwischen dem 14. und 15. Jahrhundert in Pistoia tätig waren, haben ihr Zeugnis hinterlassen. Dazu gehören die Namen von Giovanni Cristiani und Antonio Vite für die Fresken und von Bernardo und Antonio Rossellino für die Skulptur.

Das Grabmal des Juristen Filippo Lazzari am ersten Altar rechts und das Grabmal des Seligen Lorenzo da Ripafratta, das letzte Bild, ist noch Gegenstand von Studien. Dort befindet sich auch das Grab des Dominikaner-Bischofs Andrea Franchi, der anlässlich der Pest von 1399 die Prozession der Bianchi leitete. Im Kloster des Jahres 1497 starb der berühmte Florentiner Maler Benozzo Gozzoli. Die Kirche sah Fra 'Paolino, ebenfalls einen dominikanischen Vater, der Savonarolas Anhänger war, wie das gesamte Kloster Pistoia. Er malte den Tisch mit der Anbetung der Heiligen Drei Könige und einer Heiligen Konversation, die heute in der Kirche San Paul.

In den folgenden Jahrhunderten wurde die Kirche San Domenico zum Gegenstand von Transformationen, die vom Geschmackswechsel inspiriert wurden. Die adeligen Familien von Pistoia wählten es als Begräbnisstätte, wie in den zahlreichen Inschriften des Grabes zu sehen ist. Die Panciatichi, die Cancellieri, die Cellesi, die Baldinotti, die Gatteschi und andere waren die Familien, die die Altäre an den Mauern des Hauptschiffes zu ihrem Ruhm wollten.

Die Fresken mit Geschichten aus dem Leben von San Domenico, die von Sebastiano Vini im großen Kreuzgang gemalt wurden, stammen aus dem Ende des 16. Jahrhunderts, während die massiven Umstrukturierungen, die zur Opferung der Kirchenfenster führten, die den Chor und das 17. Jahrhundert schloss die einscheinigen Fenster, ersetzt durch die Barockfenster. Im gleichen Jahrhundert wurden die Lünetten des kleinen Kreuzgangs mit Fresken versehen, die heute infolge von Kriegsschäden nur auf eine Seite reduziert wurden, und Geschichten aus dem Leben der Magdalena wurden von den Malern Ulisse Ciocchi, Michelangelo Cinganelli und Giovanni Martinelli, allen Schülern des Florentiner Meisters Bernardino Poccetti Gravely, bombardiert In der Nacht vom 24. Oktober 1943 wurden die Kirche und das Kloster von San Domenico restauriert, und viele Kunstwerke sind zu ihrem früheren Glanz zurückgekehrt.