Während des 11. und 12. Jahrhunderts war das Gebiet von Chinzica, in dem dieser Palazzo steht, ein schnell wachsendes Stadtviertel, in dem viele Turmhäuser errichtet wurden. Das 13. Jahrhundert war eine Zeit der Bevölkerungswachstum und des Ausbaus des Gebäudes. In den Hauptstraßen des Viertels gab es einen Wettlauf um Landerwerb. Die Häuser der großen Kaufmannsaristokratie wurden mit Blick auf den Fluss gebaut, während Geschäfte und Werkstätten von kleinen Kaufleuten und Handwerkern weiter hinten standen.

Bei den neuen Palazzi wurden mehrere der engen mittelalterlichen Turmhäuser zu einem Gebäude zusammengefügt.
Der Palazzo Alliata wurde auf diese Weise aus mittelalterlichen Gebäuden gebaut, die Ende des 11. Jahrhunderts aus Stein der Verruca errichtet wurden.

Die Alliata-Familie hatte einen aristokratischen Ursprung; Sie kamen um die Mitte des 12. Jahrhunderts von Calcinaia in der Nähe der Stadt nach Pisa und stiegen dank des maritimen Geschäfts, der Investitionen in Sardinien und der Beziehungen zu katalanischen Kaufleuten sowohl sozial als auch wirtschaftlich rasch an.

Nach der Florentiner Eroberung von Pisa (1406) flohen die Alliatas, wie viele andere große pisanische Familien, nach Sizilien, um Männer, Güter und Kapital mitzunehmen. Ihr Palazzo durchlief mehrere Architektur- und Stiländerungen, bis der letzte im 17. Jahrhundert von der Florentiner Familie Vaglienti erworben und bis 1773 darin bewohnt wurde.