Das seit 1948 im ehemaligen Kloster von San Domenico untergebrachte Museum wurde mit der Sammlung von Artefakten aus den Perugia-Gebieten und generell aus Umbrien sowie der Schenkung der ursprünglichen Sammlungen Friggeri und Bellucci begonnen.

Im Kreuzgang am Eingang, unter dem Portikus, sind Steinmaterialien ausgestellt, die hauptsächlich aus Travertin-Urnen aus der hellenistischen Zeit und aus römischen Epigraphen bestehen.
In den unterirdischen Ausstellungshallen in der Nähe des Haupteingangs befindet sich die Rekonstruktion des Grabes der Familie Cai Cutu (3.-1. Jh. v. Chr.). Das dreizehnige Grab wurde 1983 in Monteluce entdeckt und enthielt fünfzig Urnen und ein unbegrabenes Skelett, den männlichen Gründer der Familie. Das Bestattungsset, das die unbegrabenen Überreste begleitete, bestand aus seiner Waffe (Schild, Schwert, Schienbeinschützer, Helmbackenstücke), einem Ritualolpe und den Kottabos, einem typischen Tischspiel, das von den Etruskern bevorzugt wurde.

Entlang der oberen Loggia, im etruskisch-römischen Abschnitt, sind hellenistische Urnen in der Nekropole von Perugia zu sehen, und auf der Nordseite befindet sich der Saal mit den Bronzeartefakten von 1812 in San Mariano di Corciano: drei Paradewagen, die zu den wichtigsten Funden der archaischen etruskischen Bronzekunst in der Welt zählen (570-520 v. Chr.). Weiter unten befinden sich die Hallen, die den etruskischen Funden gewidmet sind, die in Perugia entdeckt wurden, darunter die Montegualandro-Stele (Ende 7. bis Anfang 6. Jh. v. Chr.), der Sperandio-Sarkophag (510-500 v. Chr.) und der Cippo di Perugia, ein Grenzstein mit einer langen und archäologisch wichtigen Inschrift in etruskischer Sprache.