Laut Opicino de 'Canistris, dem von 1323 bis 1329 Pfarrer in Pavia, war dies die älteste Kirche der Stadt und beherbergte über sechshundert Jahre die Leiche von San Siro, dem Gründer der ersten christlichen Gemeinde in Pavia, die in der ersten Hälfte der Stadt lebte 4. Jahrhundert nach Christus Sie war den Heiligen Gervasio und Protasio gewidmet, den Märtyrern des dritten Jahrhunderts, für die Aufbewahrung ihrer Reliquien, die Sant'Ambrogio 386 in Mailand entdeckte und von Sant'Invenzio, dem dritten Bischof von Pavia nach San, nach Pavia gebracht wurde Siro und San Pompeo. Im Laufe der Jahre wurde die Anwesenheit von Benediktinermönchen seit dem 12. Jahrhundert bezeugt und von einem Pilgerhospiz, das 1366 gegründet und gegen Ende des 16. Jahrhunderts wieder aufgebaut wurde, als es dem franziskanischen Dritten Orden anvertraut wurde.

Es waren immer die Franziskaner zwischen 1712 und 1718, die die Kirche, wie wir sie jetzt sehen, wieder aufgebaut und ihre Orientierung umgekehrt haben. Nach dieser Umgestaltung wurde die romanische Fassade abgerissen, durch die aktuelle Apsis ersetzt, und die ursprüngliche Apsis wurde durch die neue Fassade im klassischen Stil ersetzt. Im Jahr 2004 wurde in der Kapelle von San Siro ein Zyklus von Fresken aus dem 16. Jahrhundert gefunden, deren Restaurierung im Jahr 2009 abgeschlossen wurde, wodurch sie als der bedeutendste historisch-künstlerische Fund des Jahrhunderts in Pavia bezeichnet werden kann.