Wenn wir die Via Donatello entlang gehen, gelangen wir zum Eingang des Botanischen Gartens. Er wurde 1545 auf Wunsch der Medizinschule der Universität von Padua gegründet und ist der älteste botanische Universitätsgarten der Welt, der seinen ursprünglichen Standort beibehalten hat. Der Garten wurde für die Erforschung von „Semplici“ (Heilpflanzen) gegründet und hat die Entwicklung der Botanik von einer auf die Medizin angewandten Wissenschaft zu den verschiedenen gegenwärtigen Zweigen miterlebt. In ihr werden nach wie vor intensive Bildungs- und Werbemaßnahmen sowie diverse Forschungsaktivitäten durchgeführt, in denen einige seltene und gefährdete Arten erhalten bleiben. Im Garten werden ungefähr 6.000 Pflanzen gezüchtet, darunter exotische, medizinische, giftige und wurmfressende Pflanzen.
Die angrenzende Bibliothek ist ebenfalls einen Besuch wert: Sie beherbergt einige historische Kräuter, wissenschaftliche Bände und wertvolle illustrierte Bücher, von denen viele Einzelstücke sind.