Das Museum of Zoology und Comparative Anatomy wurde im 18. Jahrhundert als Universitätssammlung der Paläontologie und Mineralogie gegründet, mit der es den Ursprung teilt, und hat das Ziel, besonders wichtige Funde für das lokale Gebiet zu erhalten.

Nach den Hinterlassenschaften der Bürgerinnen und Bürger von Modenese und mehreren Ankäufen, die zwischen 1830 und 1845 mehrmals stattfanden, wuchs das Erbe des Museums vor allem im ornithologischen Sektor, auch dank häufiger Spenden des Herzogs Francesco IV sowohl exotische Exemplare, die vor Gericht gezüchtet wurden und in Gefangenschaft gestorben sind, als auch lokale Fauna.

In jüngster Zeit haben die zoologischen Sammlungen durch Material, das von privaten oder öffentlichen Stellen gespendet wurde, oder durch Anfälle, die von Tierpflegern durchgeführt oder von Jägern konfisziert wurden, oder aufgrund von Studiensammlungen, eine neue Zunahme erfahren. Sie wurde in der Universitätsklinik für Tierbiologie eingerichtet und hat heute etwa 3000-3500 eingebürgerte Wirbeltiere (Vögel, Säugetiere, Fische, Reptilien), von denen etwa hundert zur "Wirbeltierfauna des Modena-Gebiets" gehören und in Form kleiner Dioramen angeordnet sind ; etwa 1000 Exemplare von Wirbeltieren (insbesondere Fische und Reptilien), die unter Flüssigkeit aufbewahrt werden; etwa 250 Skelette und anatomische Teile von Wirbeltieren; einige hundert wirbellose Tiere, konserviert in Alkohol oder Formalin.

Das Erbe umfasst auch eine wichtige malakologische Sammlung, bestehend aus einigen tausend Schachteln mit jeweils einem oder mehreren Exemplaren; hundert entomologische Boxen mit einer unbekannten Anzahl von Exemplaren; ein Dutzend Vitrinen mit einer reichen Sammlung parasitischer und giftiger Tiere (Franchini Collection).