Die geologischen und paläologischen Umweltdaten deuten darauf hin, dass sich in der Bronzezeit (ca. 1800 v. Chr.) Ein See natürlichen Ursprungs entlang des Flusses Mincio stromabwärts der heutigen Stadt Mantua entwickelte. Das heutige Layout der Seen von Mantua wurde jedoch 1190 vom Bergamo-Ingenieur Alberto Pitentino erstellt. Da diese Wasserbauten ein über acht Jahrhunderte altes Denkmal der Wasserbaukunst sind, glauben wir, dass die Seen von Mantua auch "natürliche Seen" sind, anstatt künstliche Flussbarrieren. Der Paiolo-See wurde dann Mitte des 17. Jahrhunderts ausgetrocknet, so dass die Stadt Mantua zu einer Halbinsel wurde.
Die Seen von Mantua sind seit 1984 fester Bestandteil des Parco del Mincio.

Der Inferiore-See ist der flachste der drei Seen mit einer maximalen Tiefe von nur 9 m und einem Durchschnitt von 3 m. Es liegt auf einer Höhe von 15 m, die der des Mezzosees entspricht. Der Masetti-Damm trennt den Inferiore-See von Vallazza und vom Unterlauf des Mincio. Ab dem Jahr 1947 wurde das Land am linken Ufer von der Entstehung des Industriegebiets Mantua betroffen. Der Bau einer heute noch aktiven Raffinerie begann im Dezember 1953.