Die Kirche von S. Bernardo wurde im Jahre 1400 an der Stelle des alten Osnello-Krankenhauses (benannt nach dem Gründer) erbaut, das erstmals 1189 erwähnt wurde. Es wurde in einer der ältesten Straßen in diesem Teil von Pisa errichtet und diente als Unterkunft Pilger und Wanderer. Diese Straße, jetzt Via Pietro Gori, hieß früher Carraia Minucioli, dann Carraia Gonnelle. Ein ehemaliges mittelalterliches Gebäude, das Mitte des 13. Jahrhunderts zerstört wurde, wurde 1401 wieder aufgebaut und dem Zisterzienserkloster S. Bernardo angeschlossen. 1444 rekonstruierten die Nonnen den gesamten religiösen Komplex vollständig, später wurden jedoch auch viele Renovierungsarbeiten und Anpassungen vorgenommen. Im Jahre 1616 wurden das Gebäude und der Innenboden des Gebäudes erhöht und um die Mitte des 18. Jahrhunderts wurde die Kirche mit dem heutigen Erscheinungsbild umgestaltet. Die Kirche gehörte Zisterzienserinnen bis zum frühen 19. Jahrhundert, als sie nach der Unterdrückung der Klöster in die Kirche von S. Silvestro zogen.
Die gemauerten Bögen und Fenster in der linken Außenwand stammen wahrscheinlich aus dem 15. Jahrhundert. Weitere Gebäude mit Backsteinbögen aus dem spätmittelalterlichen Krankenhaus können in S. Bernardo und Vicolo Scaramucci gefunden werden.
Im Inneren sind noch die Überreste der barocken Verzierungen des Gebäudes zu sehen, mit vergoldeten Gipsformteilen von Antonio Ferri und Fresken an der Gewölbedecke mit Geschichten aus dem Leben des Hl. Bernhard von Tommaso Tommasi. An den Wänden, in aufwendigen Stuckrahmen, sind zwei Fresken von G. Battista Tempesti aus der Mitte des 18. Jahrhunderts gemalt.
Heute ist die Kirche entweiht. Jetzt "Cantiere S. Bernardo" genannt, wird es von einer Gruppe junger Künstler für ihre Aktivitäten verwendet.