Als sie einige Jahre vor 1290 in Padua ankamen, errichteten die Brüder der Karmeliter ihren Sitz nördlich der Stadt, außerhalb des Molino-Tors. Dieses Gebiet wurde von einem gemischten und lebhaften Borgo namens "Coa Longa" (lange Mulde) besetzt: Eine lange und gewundene Reihe von Holzhäusern, die zwischen Gemüsegärten und Bauernhöfen verstreut sind. Hier gab es Handwerker, Ladenbesitzer, Gastwirte und Gastwirte, aber auch die Sitze von Adelsfamilien und die Residenzen einer lebendigen bürgerlichen Klasse. Eine der Quellen des Reichtums waren die Mühlen, wie sie im eingelegten Marmor der Altarfront der Kirche zu sehen sind, der von der Zunft der Müller in Widmung an die Madonna und ihre Schutzheiligen Rocco und Sebastian in Auftrag gegeben wurde. Der Bau der Kirche begann 1309 und endete am Ende der Carraresi Signoria. Die ursprüngliche Kirche bestand aus einem einzigen Kirchenschiff mit einem Kielgewölbe aus Holz, einem Außenportikus und sechs Kapellen. Die jetzige Kirche hat den einschiffigen Grundriss beibehalten, doch am 25. Januar 1491 verursachten sehr heftige Schneefälle und ein Erdbeben den Zusammenbruch des Daches und von Teilen der Wände. Die Rekonstruktion wurde Lorenzo da Bologna und Pietro Antonio degli Abati anvertraut, der das Restliche behielt und in ein von der Renaissance inspiriertes Projekt einfügte. Die neue Kuppel von Lorenzo scheint in Giorgiones Gemälde The Storm zu erkennen. Zu den Bestandteilen aus dem 14. Jahrhundert zählt die Cappella Maggiore mit ihrer fünfeckigen Apsis, verbundenen Pilastern und einzelnen Lanzettenfenstern. Die Apsis, der Chorraum und die Fassade waren ebenso erhalten wie die imposante Umfangsmasse, ursprünglich aus lombardisch-römischem Ursprung, mit Pilastern und falschen Bögen in einer Höhe, die darauf hindeutet, dass die Wände der Kirche einst etwas niedriger waren. Auch der karmelitanische Kreuzgang und das Kapitelsaal mit Blick auf die Kirche, die mit einem eleganten Portal und flankierenden Doppelfenstern geschmückt sind, sind in ihrer ursprünglichen Form erhalten.