Die Modena Botanical Gardens wurden 1758 von Herzog Francesco III d'Este gegründet, der einen Teil des Gartens für die Ausstellung von Heilpflanzen reservierte.

Im Jahr 1765 wurde der "öffentliche Lehrstuhl für Botanik mit Hilfe der Fakultät für Medizin und aromatische Kräuter" eingerichtet. Es folgte das Verfahren für den Bau eines "Heizers", der es ermöglichte, neben den zuvor angebauten Pflanzen exotische Pflanzen hinzuzufügen.

Im Jahr 1772, mit den von Francesco III. herausgegebenen Großen Universitätsreformen, ging der Botanische Garten unter die Universität.

Im selben Jahr wurden nach einem Entwurf des Architekten Giuseppe Maria Soli die Anbauflächen für Heilpflanzen angelegt und ein im Süden gelegener großer Tank für die Bewässerung und die Bewässerung von Gewässern ausgehoben Flora.

Seit 1775 mit den Universitätsreformen wurde die Botaniksektion zu einer Wissenschaft von Prof. Roberto Francesco De Laugier, der aus Wien den Vorsitz der Sektion übernahm.

Er gab den Gärten eine entschieden wissenschaftliche Orientierung, ordnete die Pflanzen gemäß der Tournefort-Klassifizierung und führte verschiedene Arten aus tropischen Ländern ein.

Der Wind der Revolution, als die französischen Truppen am 6. Oktober 1796 Modena besetzten, untergrub die Universität erheblich.

Tatsächlich änderte die Universität ihren Namen in Lyceum und die Gärten spürten die Auswirkungen sogar auf organisatorischer Ebene.

Der Erwerb zahlreicher botanischer Sammlungen, einschließlich des reichen Gartens des Grafen Cattaneo von Novara, datiert zu dieser Zeit.

Um 1820 wurde ein Austauschprogramm mit 126 Botanischen Gärten in aller Welt hinzugefügt. In dieser Zeit wurden die Gärten insbesondere durch das von De Brignoli gegründete Herbarium bereichert.

Von großem Interesse war die Spende von Professor Gibelli, der seine Bibliothek und seine Sammlung vaskulärer Kryptogramme den Gärten hinterließ.

In den 1920er Jahren wurde das Flechten Herbarium von Doktor Baglietto erworben, das zusammen mit einigen anderen Besitzern das Flechten Herbarium zu einem der wichtigsten historischen Herbarien Italiens macht.

Später wurde die bedeutende private Herbariumsammlung von General Vaccari und Emilio Chiovenda erworben, die die botanischen Werte mit Proben aus Eritrea und Somalia bereicherte.