Das Museum wurde 1854 eröffnet und bis 1926 hauptsächlich von den anatomischen Direktoren Paolo Gaddi und Giuseppe Sperino bereichert. Das Museum zeigt etwa einhunderttausend Stücke nach dem Kriterium der beschreibenden Anatomie, das heißt zu Dokumentationszwecken der verschiedenen menschlichen Apparate. Einzigartig unter den natürlichen Präparaten ist die Sammlung von fötalen Skeletten im Stehen, die in verschiedenen Einstellungen fixiert sind (49 Exemplare aus dem zweiten bis achten Monat des Wachstums) und drei weibliche Mumien, die im 19. Jahrhundert hergestellt wurden.

Es gibt auch zwei Sammlungen von Schädeln: die ethnographisch-anthropologische Sammlung von Gaddi und den interessanten Kern von Schädeln, der nach der Theorie von Lombroso, dem Begründer der kriminellen Anthropologie, klassifiziert wurde.

Die anatomischen Wachse, die in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts vom Wachsmodellierer Remigio Lei unter der Universität Modena als Modellierer des Anatomischen Instituts hergestellt wurden, und die aus bemalten Terrakotta des 18. Jahrhunderts sind fast alle besonders hervorzuheben. Lebensgröße, die die verschiedenen Stadien von Schwangerschaft und Geburt darstellt, eine Arbeit von Giovan Battista Manfredini aus Bologna unter der Leitung des Anatomen Francesco Febbrari.

Das Museum stammt aus einem ersten Kern, der unter Francesco III d'Este erbaut wurde und dem aktuellen Erdgeschoss entspricht. Dazu gehören die Loggia, das anatomische Theater und einige angrenzende Räume.

Die Eröffnung des Theaters erfolgte 1775 aufgrund des Engagements des berühmten Anatomen Antonio Scarpa, Professor für Anatomie an der Modena University. Das Design des Theaters wurde von Scarpa selbst entworfen, der sich vom Anatomietheater der Universität von Padua, dem ältesten in Italien, inspirierte.

In dieser ersten Phase wurde das Museum noch nicht verstanden, jedoch stammen einige Stücke aus dieser Zeit; Es ist zum Beispiel bekannt, dass derselbe Scarpa Modena den Ceroplast Giovan Battista Manfredini eingeladen hatte, der zuvor etwa fünfzig Modelle von geburtshilflichen Themen in Terrakotta aufgeführt hatte, um verschiedene Vorbereitungen zu treffen, die nun nicht mehr verfügbar sind.

Die Physiognomie des Museums mit den vier miteinander verbundenen Räumen, den Anschlagtafeln und den Fenstern der typischen Anordnung des 19. Jahrhunderts ist seit dem Zeitpunkt der Einweihung unverändert geblieben: Dies liegt daran, dass auf den Anschlagtafeln des dritten Raums auch Vorbereitungen zu sehen sind im Zusammenhang mit Tieren, da die vergleichende Anatomie seit langem ein fester Bestandteil der anatomischen Forschung im Allgemeinen ist.