Sie wurde nach vorwiegend prähistorischen Ausgrabungen in der zweiten Hälfte des letzten Jahrhunderts im Rahmen einer klar evolutionistischen Perspektive errichtet, die sich gut an die Fortschrittsidee der positivistischen Ideologie der damaligen Zeit anlehnte. 1871 wurde sie dank der Aufklärung eingeweiht Arbeit seines ersten Direktors, Carlo Boni.

Die archäologischen Sammlungen, chronologisch und topographisch angeordnet, bestehen aus Werken aus einem fortgeschrittenen Moment des Paläolithikums bis in das Mittelalter.

Besonders bedeutsam sind die prähistorischen Funde, vor allem die neolithischen Funde von Fiorano und Pescale (5.-4. Jahrtausend v. Chr.), die aus den Ausgrabungen von F. Malavolti stammen, und diejenigen der terramaresischen Bewohner der Bronzezeit repräsentieren den Kern des Museums - mit zahlreichen Objekten aus Keramik, Bronze und Hirschhorn.

Die ethnologische Abteilung, die zwischen 1875 und den frühen Jahrzehnten des 20. Jahrhunderts gegründet wurde, setzt sich aus Erkenntnissen verschiedener geografischer Gebiete zusammen, die in vielen Fällen Zeugnis dafür liefern, dass Kulturen inzwischen ausgestorben sind oder aussterben. Die derzeitige Anordnung der Sammlungen berücksichtigt die ursprüngliche Aufteilung des 19. Jahrhunderts in geografische Gebiete: Neuguinea, Südamerika, präkolumbianisches Perù, Afrika und Asien.