Muzeum je umístěno v pokojích starého benediktinského konventu S. Matteo v Soartě (11. století), z nichž jen velmi málo zůstává po změnách a obnově po poslední válce, kromě církve a několika kusů středověké zdi.

Pozdní středověké kláštery byly postaveny v cihel s dvojitými mulliony a sloupy a hlavními městy, z nichž téměř všechny jsou originální v horním patře.Colonnade byla z velké části restrukturalizována v 16. století, spolu s dalšími částmi uzavřenými pro veřejnost.Na začátku 19. století byla nainstalována kapitola kanoness a v tuto chvíli byl pravděpodobně postaven neoklasický vstup.Mezi lety 1866 a 1940 se stal městem, který vyžadoval hodně strukturální adaptace.

Transformace do muzea a obnovení budovy probíhala v letech po druhé světové válce.Národní muzeum San Matteo se narodilo v roce 1949 díky Piero Sanpaolesi.Bylo to založeno na estetické kvalitě prací na výstavě.Později bylo rozhodnuto seskupit exponáty podle typu a znovu se sejít původními soubory.

Muzeum obsahuje největší sbírku uměleckých děl v Pise.Má pozoruhodný obchod středověkých keramiky, v podstatě keramické pánve z celého středomořského a středověkého a moderního nádobí, které se nachází během vykopávek v Pise (kolekce Tongiorgi).Existuje několik vzácných šperků a výběr mdievských mincí a tuleňů ze sbírek Franceschi a Supino.Důležitá část s osvětlenými kodexy obsahuje příklady od 12. do 14. století, pozoruhodně bohaté na osvětlení.Existují kamenné sochy pocházející od středověku do 16. století, zejména jemné příklady románských sochařů a mistrovských děl Nicola Pisano E Donatello.K dispozici je také sbírka dřevěných soch a relevantních obrazů s více než dvě stě prací v rozsahu od počátku 1200 do moderního věku, důležitými umělci, jako jsou Giunta Pisano, Berlinghiero, Simone Martini a Masaccio, abychom jmenovali jen několik.