Církev a sousední konvent, patřící k benediktinským jeptiškám, byly zahájeny v roce 1027 a byly postaveny na základech dřívějšího kostela.Během následujícího století byl kostel zvětšen, ale byl částečně zbořen asi v roce 1350. V roce 1607 byl vážně poškozen požárem, byl znovu strukturován, zkrácen a rozdělen do dvou částí, s jedním pro jeptišky oddělené od sboru.

V velmi začátku 17. století byl kostel zcela restrukturalizován a zdoben.Nejdůležitější dílo provedli Melani Brothers, kteří dělali strop freska, se slávou St. Mathew, Trompe l'oeil obrazy soch na vnitřní stěně fasády a oválnými obrazy vedle hlavního oltáře, zobrazující, zobrazující, zobrazující, zobrazující, zobrazující, zobrazující, aSmrt sv. Benedikta a extáze sv. Benedikta: Po potlačení klášterů se S. Matteo stal farním kostelem.

Kvíř byl často poškozen po staletí záplavou Arno a byl obzvláště zničen během poslední války, kdy byl zničen freskový strop kostela jeptišky.
Výkop v roce 1947 odhalil pozůstatky apse původního kostela, zhruba dva metry pod současnou úrovní země.Románská architektura je vidět na vnější pravé zdi kostela a na zvonici.Středověký klášter je viditelný vstupem do Museo di S. Matteo;V 16. století byl znovu styl a dnes sídlí některé z muzejních pokojů.

Někteří z starověkého církevního nábytku je vystaven jinde.Monumentální kříž s Christus Patiens pocházející z počátku 13. století je nyní zobrazen v Museo di S. Matteo.Nad prvním oltářem vlevo je krucifix 13. století, ale Kristova hlava se znovu namaluje.