Diecézní muzeum, které bylo otevřeno při příležitosti Jubilea z roku 2000, pokrývá téměř 2 000 metrů čtverečních v halách biskupského paláce.Shromažďuje vzácná díla malby, sochy a zlatníku, kódů a incunaboli (knihy postrádající přední obálky, vytištěné v 15. století, kdy bylo umění tisku na úsvitu), posvátné roucha přicházející z území diecéze Padua.V tomto prostoru vystavena podle chronologických kritérií a podle částí, díla svědčí o kulturním bohatství, umělecké citlivosti a hluboké víře církve v Padua od staletí před rokem 1000 nl do současnosti.
Itinerář začíná z místnosti San Gregorio Barbarigo, kde najdeme řadu rukopisů, jako je Antifonari v katedrále ze 14. století, pozoruhodná pro jejich uměleckou podobnost s Giottovy obrazy v kapli Scrovegni.14. století je zastoupeno velkým množstvím uměleckých děl slavných umělců, jako je relikvie kříže ve zlatém stříbrném, vyrobeném v Dánsku;Mezi obrazy krásná Madona s dítětem Giusto de 'Menabuoi a freska pocházející z vnější zdi křtiteli představující portrét mladého chlapce, pravděpodobně z rodiny Da Carrara.Série sedmi stolů zobrazujících některé epizody ze života Saint Sebastian je velmi zajímavá;Namaloval to v roce 1367 Nicoletto Semitecolo, spolupracovníkem Guarienta.