Botanické zahrady Modena byly založeny v roce 1758 vévodou Francesco III D'Este, který odložil část zahrady pro výstavu léčivých rostlin.

V roce 1765 byla zřízena „veřejná předseda botaniky na pomoci léky a aromatických bylin“.Poté následoval postup pro konstrukci „topení“, který umožnil přidat exotické rostliny podél po boku těch, které byly dříve kultivovány.

V roce 1772, s velkými univerzitními reformami vydanými Francesco III, prošly botanické zahrady pod univerzitou.

Ve stejném roce, po designu architekta Giuseppe Maria Soli, byly rozloženy grafy pro pěstování léčivých rostlin a velká nádrž na jihu byla vykopána, aby byla použita pro zavlažování a hostování vodních prostředkůflóra.

Od roku 1775 s univerzitními reformami se botanická sekce stala vědou s prof. Roberto Francesco de Laugier, vyzvala z Vídně, aby předsedala sekci.

Dal rozhodně vědeckou orientaci do zahrad, uspořádal rostliny podle klasifikace Tournefort a představil různé druhy z tropických zemí.

Vítr revoluce přinesl, když francouzské jednotky okupovaly Modenu 6. října 1796, významně podkopaly univerzitu.

Ve skutečnosti univerzita změnila svůj název na Lyceum a zahrady pociťovaly důsledky i na organizační úrovni.

Akvizice četných botanických sbírek, včetně bohaté zahrady hraběte Cattaneo z Novary, se datuje do této doby.

Kolem roku 1820 byl přidán výměnný program s 126 botanickými zahradami po celém světě.Během tohoto období byly zahrady obohaceny zejména herbáře zřízenou De Brignoliem.

Velký zájem byl dar, který poskytl profesor Gibelli, který odkázal jeho knihovnu a sbírku vaskulárních kryptogramů do zahrad.

Ve dvacátých letech 20. století bylo získáno lišejní herbář Doctor Baglietto, který společně s několika dalšími již vlastněnými, je lišejní herbář jedním z nejdůležitějších historických italských herbáře.

Později byl získán důležitý soukromý sběr herbáře u obecných vakul a Emilio Chiovenda, což zvyšuje botanická aktiva vzorky z Eritrea a Somálska.