Stavba tohoto kostela byla zahájena v roce 1256 Canonici Regolari di San Marco, objednávka Mantua založená před půl století dříve.

Říká se, že bývalý kostel stál na stejném místě, nazvaný Santa Maria v Campo Santo a postavil v raných křesťanských dobách na místě, kde požehnaní Longino a další mučedníci nabídli svůj nejvyšší akt víry.

S její asymetrickou fasádou zdobenou růžovým oknem a jemnými dveřmi, prostornou lodi a dvě uličky, Santa Maria del Gradaro je jedním z nejdůležitějších příkladů pozdního 13c umění v Mantua.