Kostel byl postaven mezi 1236 a 1254 františkánskou komunitou.Členové komunity dorazili do Bologny v roce 1218, kdy se sem přestěhoval Bernardo Di Quintavalle, jeden z prvních učedníků San Francesca.O několik let později se San Francesco připojil ke svým učedníkům v Boloni.

V současné době je církev jakýmsi pastichem různých stylů včetně románské, gotické a rané renesance.

Vysoká goticko-římská fasáda, dva Bell Towers (největší pocházející do prvních let 15. století a druhý do 1260) a oblouky v kaplích jsou obzvláště důležité.Vedle kaplí jsou dvě budovy 12. století, kde byly pohřbeny Accursio, Odofredo E Rolandino de 'Romanzi.

Uvnitř kostela, obklopeného strohým a impozantním strukturou, vyniká nádherná mramorová oltář: byl vytesán mezi 1388 a 1393 Benátčané Jacobello a Pier Paolo Dalle Masegne.Navíc existuje několik pozoruhodných sepulchrálních památek, jako je hrob papeže Alexandra V., navržený Sperandio (1482), Romanesque Muzzarelli Chapel a vzdušné kláštery (14. a 15. století) blízkého kláštera.