Santa Maria Delle Grazie se nachází na místě starověké svatyně s jarem, která byla v Etruscan-Roman éře vysvěcena Apollovi.Ve středověku to bylo známé jako Fonte Tecta.

V roce 1425 se Saint Bernardino ze Sieny snažil marně zničit.Vyhodil z města, vrátil se v roce 1428 a tentokrát dokázal získat náhradu jara oratory.Zde, od roku 1428 a 1431, Parri di Spinello namaloval fresku s Madonnou Misericordie, nyní vložený do mramorového oltáře Andrea Della Robbia (1487–1493).Oltář zobrazuje v Tympanumu Madonnu s dítětem mezi dvěma úhly;Ve výklencích jsou Svatí Laurentinus, Pergentinus, Donatus a Bernardino, zatímco paliotto má pietà.

Kolem roku 1490 obdržela oratory Portico, navržený Benedetto da Maiano.Struktura je inspirována Brunelleschiho Ospedale Degli Innocenti.Na nejdelší straně má sedm arkád s medailony, v suterénu s schody.

Samotný kostel byl postaven od 1435 do 1444, pozdní gotické budovy navržené Domenico del Fattore, s jedinou lodi s křížovými vavy a krátkou apse.Je umístěn freska (c. 1477-1481) s papežem Sixtusem IV enthronovaným mezi kardinály Gonzaga a Piccolomini.Na pravé straně byla po jeho smrti v roce 1444 postavena kaple věnovaná svatému Bernardinovi.